Крепость Мегри, по всей вероятности, была построена в годы формирования и усиления Сюникского царства (конец X в.-IX в.). Первое историческое упоминание о крепости осталось в труде историка XIII в. Ст.Орбелянa в своей работе «История провинции Сисакан», согласно которой в 1083 г. замок уже был построен.
Крепость не упоминается в последующие периоды, однако, несомненно, сыграла активную роль в военных действиях в южной части Сюника, в результате которых она подверглась многочисленным разрушениям и реконструкциям, поэтому трудно восстановить ее первоначальную структуру:
После взятия Капана в 1103 году крепость Мегри, наряду с другими крепостями, сохранилась во владениях Сюникского царя Григора II. В 1152 году турки-сельджуки захватили крепость Мегри.
В начале XVIII в., чтобы противостоять нападению турецких войск, выдающийся армянский полководец, Верховный правитель Армении полководец Давид Бек восстановил крепость.
Крепость Мегри отличается своей застройкой: имела шесть отдельно отстaющих башен – без оборонительных стен. Башни замка были двух типов по плану и пространственным формам: круглые (четыре башни) и прямоугольные (две башни).
В стенах, по всему периметру башен, в качестве сейсмостойких зон в несколько рядов использовались деревянные балки. И вертикальные, и стоячие круглые башни были двухэтажными (с высотой до двух метров).
Входы в башни расположены с северной стороны. Преимуществом такой ориентации было то, что с севера крепость была защищена естественными барьерами и атака противника была возможна только с противоположной стороны.
В XVIII в. башни были перестроены, с учетом использования огнестрельного оружия были добавлены проемы для бойниц, имеющих радиальную планировку. В настоящее время сохранились пять башен.