Մեղրի ամրոցն, ամենայն հավանականությամբ, կառուցվել է Սյունիքի թագավորության ձևավորման և հզորացման տարիներին (X դ. վերջ-XI դ.): Ամրոցի մասին առաջին պատմական հիշատակությունը թողել է XIII դ. պատմագիր Ստ. Օրբելյանն իր «Պատմություն նահանգին Սիսական» երկում, ըստ որի՝ 1083 թ. ամրոցն արդեն կառուցված է եղել:
Ամրոցը հետագա ժամանակաշրջաններում չի հիշատակվում, սակայն, անտարակույս, ակտիվ դեր է խաղացել Սյունիքի ծայր հարավային գավառ Արևիքում տեղի ունեցած ռազմական գործողությունների ընթացքում, որոնց հետևանքով ենթարկվել է բազմաթիվ ավերածությունների ու վերակառուցումների, ուստի դժվար է վերականգնել նրա սկզբնական կառուցվածքը:
1103 թ․ Կապանի գրավումից հետո Մեղրի ամրոցը, ի թիվս այլ ամրոցների, պահպանվել է սյունյաց Գրիգոր Բ թագավորի տիրապետության սահմաններում։ 1152 թ․ սելջուկ թուրքերը գրավեցին Մեղրի ամրոցը։
XVIII դ. սկզբին թուրքական զորքերի հարձակմանը դիմագրավելու համար զորավար Դավիթ Բեկը վերակառուցեց ամրոցը։
Մեղրի ամրոցը տարբերվող է իր կառուցապատումով. ունեցել է առանձին կանգնած վեց աշտարակ՝ առանց պաշտպանական պարսպապատերի: Ամրոցի աշտարակները հատակագծով ու տարածական ձևերով երկու տեսակ են եղել՝ կլոր (չորս աշտարակ) և ուղղանկյուն (երկու աշտարակ):
Պատերի մեջ, աշտարակների ողջ պարագծով, որպես սեյսմակայուն գոտիներ, մի քանի շարքով օգտագործվել են փայտե հեծաններ: Կանգուն աշտարակների պատերը դեպի վերև, դրսի կողմից նեղանում են, իսկ ներսի կողմից ուղղաձիգ են:
Թե՛ ուղղանկյուն, թե՛ կանգուն կլոր աշտարակները երկհարկանի են եղել (հարկերի բարձրությունները 2 մետրի սահմաններում):
Աշտարակների մուտքերը հյուսիսային կողմերից են: Նման կողմնորոշման առավելությունն այն էր, որ հյուսիսից բերդը պաշտպանված էր բնական պատնեշներով և թշնամու հարձակումը միայն հակառակ կողմից էր հնարավոր:
XVIII դ. աշտարակները վերակառուցվեցին, հրազենի օգտագործումը հաշվի առնելով՝ ավելացվեցին ճառագայթաձև դասավորություն ունեցող հրակնատների բացվածքներ։ Ներկայումս պահպանվել են աշտարակներից հինգը։
