Սանահինի Սուրբ Ամենափրկիչ եկեղեցին համալիրի գլխավոր տաճարն է, որր նվիրված է Աստծո միածին որդուն՝ Քրիստոսին: 10-րդ դարում այն կառուցել է Խոսրովանուշ թագուհին՝ ամուսնու հովանավորությամբ՝ երեք որդիների բարօրության համար: Այդ ժամանակ մարդիկ անկեղծորեն հավատում էին, որ ընանիքների հաջողության համար պետք է աստվածահաճո մի գործ անել՝ հատկապես եկեղեցի կառուցել, իհարկե հսկա եկեղեցի կառուցել իրենց կարող էին թույլ տալ միայն թագավորները և մեծահարուստները: Սուրբ Ամենափրկիչ եկեղեցին կառուցողները հազիվ թե պատկերացներին, որ այն ոչ միայն սեփական ընտանիքի բարօրության համար է, այլև մեր ամբողջ ժողովրդի աղոթատեղի է դառնալու՝ արդեն շուրջ 1100 տարի՝ չնայած խոնարհված լինելուն: Կառուցումից 215 տարի անց այն նորոգվել է, որը տևել է երեքից-չորս տարի: Բայց ոչ այդ, ոչ էլ հետագա մյուս նորոգումները եկեղեցու կառուցվածքի մեջ որևէ փոփոխություն չեն մտցրել, միայն ամրապնդել են խարխլված հատվածները: Հիմնովին վերակառուցվել է միայն գմբեթը: Վեջին անգամ եկեղեցին նորոգվել է 20-րդ դարում: Հետաքրքիր բարձրաքանդակ կա տաճարի արևելյան պատին, որի վրա պատկերված է երկու տղամարդ, որոնց ձեռքերին եկեղեցու մանրակերտն է. նրանք երկու եղբայրներ են, հետագայում երկու հայ թագավորներ, որոնց բարօրության համար մայրը կառուցել էր Ամենափրկիչը: Եկեղեցու պատերին պահպանված ներկերի հետքերը վկայում են, որ դրանք ծածկված են եղել որմնանկարներով:
Սանահինի սուրբ Աստվածածին եկեղեցին վանական համալիրի գոյություն ունեցող շինությունների խմբից ամենահին կառույցն է, որի հիմքը դրվել է 10-րդ դարի կեսերին: Այս եկեղեցին շատ կարևոր դեր է ունեցել համալիրի գործունեության ընթացքում: Եկեղեցու կառուցումից հետո Սանահինը դարձել է Լոռու մարզի հոգևոր դասի լուսավորչական, գիտակրթական կենտրոն, ունեցել է իր ճեմարանն ու մատենադարանը, այնուհետև` համալսարան և ակադեմիա: Երկու հայ պատմիչներ վկայում են, որ վանական համալիրի առաջին շինությունը` Սբ Աստվածածին եկեղեցին, նվիրված է եղել կույս Մարիամի հիշատակին: Այն կառուցել են Բյուզանդիայից գաղթած, միաժամանակ, քաղկեդոնական դավանանքը մերժած հայ հոգևորականները:
Սուրբ Աստվածածին եկեղեցուց արևելք, 12 մ հեռավորության վրա է գտնվում Գրիգոր Լուսավորիչ եկեղեցին, որն՝ ըստ 1061 թվականի արձանագրության, կառուցվել է Հրանուշ թագուհու պատվերով: Եկեղեցու կառուցման արձանագրության մեջ Գրիգոր Լուսավորչին նվիրված լինելու մասին չի հիշատակվել, անհայտ է նաև կառուցման ստույգ ժամանակը: Հենց դա էլ ուսումնասիրողներից մեկին առիթ է տվել կարծելու, թե այն կառուցվել է Սանահինի վանքի հիմնադրումից շատ առաջ: Ինչպես նաև եկեղեցու ճարտարապետական լուծումները մասնագետներին թույլ են տալիս ենթադրելու, որ այն կառուցվել է մինչև 10-րդ դարը: Չի բացառվում, որ Ս. Գրիգոր եկեղեցին, իսկապես, վանական համալիրի ամենահին կառույցներից մեկն է: Ցավոք, այս եկեղեցու ուսումնասիրողները չեն նշել, թե այդ ինչ ճարտարապետական առանձնահատկության շնորհիվ են այն դասում ամենահին եկեղեցիների շարքին, գուցե այդ հիմնավորման բացակայության պատճառով էլ ընդունված է համարել, որ Ս. Գրիգորը կառուցվել է 11-րդ դարում: Մի ուշագրավ նկատառում ևս. եթե վնաքի կառուցման արձանագրության մեջ չի նշվում, որ այն կապված է Գրիգոր Լուսավորչի անվան հետ, ապա մոտ 600 տարի անց կատարված վերանորոգչական աշխատանքների վերաբերյալ արձանագրության մեջ այդ փաստը հստակ երևում է: Սակայն հենց այդ վերանորոգման ժամանակ է, որ զգալի տուժել են շենքի ճարտարապետական լուծումները և եկեղեցին կորցրել է իր արտաքին տեսքի փառահեղ պատկերը: Ցավալի է նաև արձանագրել, որ այդ վերանորոգման պատճառով չկան նաև վանքի գմբեթի տակ արված միջնադարյան որմնանկարները: Նույն պատճառով է, որ այժմ եկեղեցին ունի կոնաձև վեղարով փոքրածավալ գմբեթ՝ նման մյուս վանքերի ոչ թե նախնական, այլ վերաշինված ու ձևափոխված գմբեթներին:
Այնուամենայնիվ՝ այս եկեղեցու շուրջ ծավալված ճարտարապետական զրույցներից բացի, այլ հավաստի տեղեկություններ չեն պահպանվել, բայց հասկանալի է, որ հնամենի պատմություն ունեցող տաճարը հազար ու մի խորհրդավոր անցուդարձերի վկա է եղել:
